先刷牙再進食：避免滿口細菌下肚
主張先刷牙再進食的學者，多數是為了避免過多細菌隨食物下肚，影響身體健康。「草加家庭牙醫．矯正牙醫診所」院長小垣佑一郎在《不生病的解毒飲食法》一書中說明，當我們處於睡眠狀態，身體會自動減少唾液分泌，避免睡著時被積在口腔的口水嗆到。當口腔處於乾燥狀態，沖洗作用降低，會使得細菌肆意增生，過了一個晚上，如果不刷牙直接吃早餐，吃進身體的細菌數量相當於10公克的糞便！
松生診所院長、知名醫學博士松生恆夫也曾指出，當細菌增生，口腔內的酵素「蛋白酶」也會跟著增加，因此早晨口腔內的蛋白酶數量會達到高峰。當蛋白酶進入身體，會破壞體內有預防流感效果的黏膜，使得罹患流感的機率增加。因此他建議，最好一起床就馬上刷牙，更有助預防感冒。
吃完早餐再刷牙：保護牙齒避免蛀牙
至於認為應該等吃完早餐再刷牙的論點，則是由保護牙齒免於蛀牙出發。在美國執業的牙醫師Grace在YouTube頻道《Dr. Grace》說明，牙齒外層堅韌的「琺瑯質」由礦物質組成，當我們進食後，尤其是吃了酸性、甜性的食物，這些礦物質會開始流失，稱為「脫礦」；吃完東西後刷牙，可以加速讓礦物質回到牙齒上，稱為「再礦化」。而脫礦狀態為蛀牙的開端，因此若縮短牙齒脫礦的時間，就能有效防止預防蛀牙。
不過Grace牙醫師也提到，剛吃完酸、甜的食物時，口腔會呈現酸性，此時琺瑯質處於最脆弱的狀態，刷牙時可能會將琺瑯質刮除，反而導致牙齒變黃、變得較為敏感，因此美國牙醫協會建議，吃完東西後最好隔60分鐘再刷牙清潔。不過多數人沒有那麼多時間等待，因此Grace牙醫師表示，如果早餐沒有酸性食物就可以馬上刷牙；如果有酸性食物，則可以等待30分鐘後，先用清水漱口再刷牙清潔。
綜合雙方觀點，如果擔心早上起床嘴巴病菌多，又希望能保護牙齒免於蛀牙， Grace牙醫師建議起床時可以先用漱口水清潔口腔，等吃完早餐後，等待30分鐘再刷牙清潔。牙科醫師趙國翔則在《醫師好辣》節目中提出，對於趕時間的上班族、學生，吃完早餐後可以先用漱口、牙線代替刷牙，等到吃完午餐的30分鐘後，再進行一次性的口腔清潔。
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