根據指揮中心於記者會上提供的資料顯示，國內目前已累計22例兒童重症病例，其中11例為腦炎個案，5例死亡，另外6例的恢復狀況則包括5例已拔除呼吸器、1例仍使用呼吸器，但肝腎功能、意識皆好轉。其餘死亡案例的病症包括2例敗血症、1位哮吼、1例家中死亡及1例新冠肺炎共病腦腫瘤。
根據指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞在防疫記者會上的說明，目前確診兒童染疫後出現重症的原因，仍集中在腦炎、肺炎及敗血性休克三大類，雖也有重症兒童抽血檢查時，會發現肝、腎功能異常的狀況，但部分是因為腦炎合併多重器官功能異常，而肺炎或是敗血性休克，也會影響全身血液循環，導致肝或腎功能損壞，目前並沒有觀察到重症病例單純是肝炎或是急性腎功能衰竭的情形。
另一方面，台灣兒童感染症醫學會理事長邱南昌，也於28日記者會中表示，兒童重症有好幾例與神經學有關係，並分析了4大腦部病變致病機制，包括：
- 病毒直接侵犯
除非直接解剖後直接從腦子找到病毒，否則難以確認。 - 細胞激素風暴
目前認為最重要的機制，因免疫系統過度反應引起細胞激素風暴，因而傷害器官組織與神經系統組織。 - 血管內皮細胞受傷
由於病毒可能傷害到血管內皮細胞，因此導致某些物質從血液滲透出去造成腦水腫。 - 其他器官受損導致代謝異常
由於新冠感染造成全身反應，當某些器官受損後，就可能影響腦部。例如肺部受損導致呼吸困難，而進一步傷害到腦部；又或肝腎受到影響，導致新陳代謝出了問題，造成一些無法處理的代謝產物導致腦部受損。
除了上述4種機轉之外，若民眾本身有代謝問題，受感染時（不單指新冠肺炎）也可能導致本身就岌岌可危的代謝系統出包，進而影響腦部病變。
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