其實這都是自體免疫在搞鬼，因為眼瞼及結膜存在許多肥胖細胞（mast cell），其內富含組織胺（histamine）及一些形成發炎反應的介質。肥胖細胞的表面有免疫球蛋白E分子（IgE），當外在的過敏原刺激時，會使兩個IgE連結而引起一連串連鎖反應，使肥胖細胞釋放組織胺與介質，這些組織胺會使得小血管擴張，產生癢、紅、腫等發炎症狀。
而中醫觀點認為，過敏性結膜炎多為風邪與脾肺蘊積濕熱引起的，所謂的風邪指的就是過敏原，而脾肺容易蘊積濕熱則是本身體質的問題，特別是台灣的氣候潮濕，有時連氣候都會造成過敏，所以過敏族群越來越多，也常常反覆發作，不易根治。
西藥眼藥水雖然可以快速緩解症狀，但是復發率極高，中醫治法主要以祛風清熱除濕來治標緩解症狀，調理腸胃免疫功能為本，希望可以有效根治患者的過敏體質，但是因為要改善先天的體質，往往需要較長的時間，而且需要患者日常生活上的配合才可以有效防止其復發，而過敏性結膜炎既是過敏所致，防護之道就當積極避開過敏原與謀求改善體質。
首先避開過敏原，自週遭環境著手，在家中或工作場所使用空調設施，要注意更換濾網以過濾空氣；平時少與地毯、寵物或絨毛填充玩具接觸，寢具要加強清洗，如果是機車族，騎機車要習慣配戴護目鏡，最重要的是避免長時間佩戴隱形眼鏡或不合適的眼鏡，如果沒有睡飽、感冒、身體免疫力較差，原來戴隱形眼鏡眼睛的防衛機能就降低，分泌淚液品質也較不好，眼睛就易遭感染容易紅腫發癢。
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