南瓜是相當耐放的蔬菜，即便不冰冰箱，常溫也可儲放許久。王啟正指出，只要南瓜採收前沒下雨，南瓜便不容易爛，在常溫下可儲放2～3個月。不過，由於台灣較潮濕，以最常見的中國南瓜來說，建議一個月內食用。
除了常溫保存外，農委會也建議民眾，只要用保鮮膜將南瓜切面密封就可冷藏，或是切成塊狀裝入密封袋即可冷凍。此外，將南瓜切塊後蒸熟裝入密封袋冷凍，也可存放約4周。
台灣最大南瓜產農鄭雅玲則曾受訪指出，由於部分南瓜只有特定月份才能買到，若喜歡該品種，可以在產季結束時多買，再分切冷凍，就不怕未來吃不到。
南瓜超難切！利用微波爐2分鐘讓南瓜輕鬆下刀
想開始做南瓜料理，首先要從正中間剖半，之後才能去籽、切塊？日本營養師、料理研究家高城順子指出，由於南瓜瓜蒂十分堅硬，從正中間開始切相當危險。應避開蒂頭，用菜刀的中間部位在蒂頭旁的位置，對整個菜刀均力施壓切半。接著，再用菜刀的刀鋒以3角形切除蒂頭。
若要進一步將南瓜切小塊，或切成細絲，在下刀之前，可以先用微波爐加熱，建議以600W微波2～2分半（500W微波2分半～3分鐘），就可以簡單地處理南瓜。
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