不過，疫苗混打的另一個注目點則是副作用。一篇發表於知名期刊《刺胳針》（The Lancet）的英國研究共蒐集了50歲以上民眾830人的數據，其中分為2群。一群463人疫苗間隔時間為28日，另1群367人疫苗間隔時間為84日，而在這兩大群組中再細分為2小群，分別施打AZ疫苗與BNT疫苗。
研究結果發現，間隔時間為28日的群體，第1劑牛津AZ、第2劑輝瑞BNT，副作用發生率增加到34％；第1劑輝瑞BNT、第2劑牛津AZ疫苗，副作用發生率則增加到41％。而間隔時間為84日的群體數據則暫未公布。
英國牛津大學副教授Matthew Snape表示，雖然沒有因副作用嚴重而需要至醫院治療的個案，但因為這次的研究資料均為50歲以上，若是年輕族群，副作用可能會更加頻繁。不過總的來說，疫苗混打沒有安全性疑慮。 （編輯推薦：打完疫苗出現新冠手臂、腳趾腫大！一張圖看完5大皮膚副作用）
除了上述研究外，美國國家衛生研究院（NIH）也公布將進行疫苗混打相關的臨床實驗，用以確保安全性和免疫原性。初步研究結果預計將於夏季結束前發表。
台灣目前疫苗不足，混打或許不失為一種選項
台灣疫苗量能至今仍嚴重不足，在疫苗數量稀少，不同廠牌到貨時間也不同的情況下，或許部分民眾認為混打疫苗不失為一種選項。台大醫院小兒部感染科主治醫師呂俊毅也表示，因為疫苗誘發抗體的機制不同，混打的效果可能更好，有可能發揮互補作用。
而對在國內第一線的護理工作人員來說，才剛施打完疫苗就要立刻上前照顧病患也令人擔憂。林氏壁指出，建議這些醫護人員優先施打AZ疫苗。根據韓國相關研究，僅接種第一劑AZ疫苗後，14天內即可達到86％的保護力。若是施打mRNA疫苗，則需接種到第二劑才能達到臨床試驗中90％以上的結果，對一線人員來說緩不濟急。
不過，由於目前疫苗混打的研究數據仍然不多，國家衛生研究院感染症與疫苗研究研究員暨生物製劑廠執行長劉士任指出，施打單一種類的疫苗仍是較能掌握安全性的做法。因為疫苗混打的副作用較難預測，仍需要有更充分的研究與數據。
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