黴菌引起的氣喘與過敏性鼻炎的治療方式，和一般氣喘與過敏性鼻炎的治療方式相同。黴菌引起的氣喘主要會使用吸入型類固醇，同時也可根據症狀程度調整類固醇的用量，並使用支氣管擴張劑。
黴菌引起的過敏性鼻炎主要會使用不會導致嗜睡的第二代抗組織胺來治療，也會使用類固醇鼻噴劑或抗白三烯素等藥劑。如果是免疫治療對象（過敏性鼻炎、過敏性結膜炎、氣喘和異位性皮膚炎等疾病屬於免疫治療的對象），會針對鏈隔孢菌屬、分枝孢子菌屬等黴菌進行免疫治療。
一般而言，黴菌跟花粉一樣，沒有有效的迴避方式，只能盡可能減少暴露於其中的機會。以室外來說，落葉、肥料、乾草堆、家畜用牧草、釀造廠等處是主要會暴露於其中的場所；以室內來說，布沙發、純棉床墊、家具、壁紙、地毯、水槽、浴簾等處是主要會暴露於其中的場所。
針對室外黴菌，並無特別的處置措施，不過可以戴防護口罩降低暴露的風險；針對室內黴菌，則能經常打掃、保持乾燥並盡量除霉。
過敏性支氣管肺麴菌病
過敏性支氣管肺麴菌病（allergic bronchopulmonary aspergillosis，簡稱ABPA）是著名的黴菌所引起的過敏反應，此疾病由麴菌屬的麴菌所引起。麴菌會使因氣喘而免疫功能變差的人感染疾病，屬於會引起各種疾病如侵略全身的過敏性支氣管肺麴菌病的黴菌。
這種黴菌常存在於大自然、室內或室外等任何場所，尤其是肥料堆、樹穴蓋板、花盆的泥土、下水道設施、鳥類排泄物等處。
令人喘不過氣的氣喘是典型症狀，同時也會導致血液中的嗜酸性白血球增加，以及在胸部放射線檢查中一再出現肺浸潤的現象，一旦症狀持續發展，便會出現支氣管擴張症、肺纖維化等問題。
在韓國，有時會發生長期誤認為結核病，後來才確診的情形。此疾病可經由針對麴菌所做的過敏皮膚檢測、血清中總免疫球蛋白E、血清學特異免疫球蛋白檢測、麴菌相關沉澱素試驗、CT等放射線檢查等方式診斷。
雖然是侵略肺部的疾病，卻跟黴菌感染不一樣，屬於過敏免疫反應所引起的疾病，所以會使用類固醇當作治療藥物。為了治療黴菌，也會一併使用抗菌劑。近來也發現麴菌以外的黴菌也會引起症狀，故也會使用過敏性肺支氣管黴菌病（allergic bronchopulmonary mycosis，簡稱ABPM）的稱呼。
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