人類與細菌在這個星球上一起進化。三十萬年前，智人（Homo sapiens）開始出現時，我們狩獵採集的祖先食用他們可以搜尋到的食物：古代的穀物、堅果、豆類和水果，所有這些都包含大量的纖維，使微生物可以茂盛茁壯。食物是用手從充滿細菌的土壤和植物中摘取，所以我們久遠的祖先吞下去的每一口食物都裝載著來自環境中的微生物，然後進入他們的腸道。
即使在西元前一萬年的第一次農業革命之後，當人類從狩獵與採集轉變成依賴耕種食物，大多數的主要食材仍是以植物為主。這種飲食模式具有微生物喜愛的高纖維含量，而且充滿了來自環境中的細菌，塑造成我們在演化過程中適合生存的身體。 （編輯推薦：膳食纖維不只解便秘！國際認證：三高、心血管風險降3成）
正如人類的命運彼此交織，綜觀大部分的歷史，人類並不知道細菌的存在，更不用說我們體內健康細菌的相關知識。但是在過去幾個世紀，科學轉變了我們對於細菌是如何導致疾病和促進健康的瞭解。起初始於疾病。微生物學領域的研究初期，我們學到的大部分與「壞的」細菌有關──不過有充分的理由。畢竟綜觀人類歷史，具毀滅性的流行病席捲全球，無差別地殺死它們所經之處的大部分人口。
歐洲黑暗時代（Dark Ages）期間，傷寒（typhoid fever）、瘟疫（plague）、痢疾（dysentery）和痲瘋病（leprosy）等可怕疾病猖獗，將痛苦與死亡帶給數百萬的人類。那時的醫生只有關於致病原因的理論，也不知道他們周圍的不衛生條件會讓細菌不斷傳播。在那些年代裡，世界上大多數的社區中，糞便、尿液、腐敗的食物和害蟲無論是在家中還是在街上都混雜在一起，創造出無所不在的化糞池，使得細菌群得以蓬勃發展。
醫學上的一個大發現發生在一八六一年，那時是維也納產婦的高死亡率流行期間。當時在一個特定產科門診進行分娩之後，死於感染的婦女人數高的令人震驚。伊格納茲．塞麥爾維斯（Ignaz Semmelweis）是那個門診的一位產科醫生，他注意到一種模式：產後死亡的母親會被移往太平間，醫生會在那裡對死亡的婦女進行驗屍，然後回到待產室，繼續照顧下一位要分娩的母親。
塞麥爾維斯不禁納悶：難道殺死那些產婦的東西會跟隨醫生回來繼續奪走下一位婦女的性命嗎？於是他提出一個新穎的想法：醫生應該在驗屍和接生中間，使用一種「抗菌」的溶液洗刷他們的雙手，以清除那些威脅。這個策略奏效了。產婦因為感染造成的死亡率驟降至個位數。
塞麥爾維斯的發現在衛生醫療程序的發展重要性上無與倫比。下一個重大的里程碑，約瑟夫．李斯特（Joseph Lister，李施德霖漱口水即以他命名）注意到光是洗手並不夠：所有手術器械也必須使用化學溶液進行消毒。結果是手術後壞疽的減少。諸如此類的創新造就了今日理所當然執行的醫院、手術室和醫生診間消毒的高標準－－並持續挽救數百萬人的性命。
結果，卻出現意想不到的後果，人們愈瞭解如何控制和消滅會導致感染的細菌，就愈普遍地認為所有細菌皆有害，延續至今，潔癖（germaphobia）時代因此拉開序幕。大多數的我們，成長的過程都被教導要擦拭、消毒和避免任何我們可能接觸到的細菌。關於細菌是壞的且需要使用抗生素去摧毀的資訊，也充斥在公共衛生與公眾意識之中。消毒液、洗手液和抗菌肥皂變成家用品項。
在我們的食物系統中，殺蟲劑、加熱殺菌和用於家畜身上的抗生素變得普遍，每個地方都在殺死細菌。事實上，抗生素革命徹底改變了現代醫學－－將拯救生命的殺菌力量交到世界各地的醫生、醫院和公共衛生中心的手上，大大消除了過去極具破壞力的流行病。
然而，科學家暗中發現了有悖常理的事實。有些細菌其實可以提供拯救生命的健康益處。早在一九○七年，一位著名的俄國動物學家－－埃黎耶．梅契尼可夫（Ilya Metchnikoff）開始質疑是否「所有細菌都是不好的」，正統說法可能有缺陷。在一八九二年法國流行霍亂（cholera）的期間，梅契尼可夫將細菌混合在一個培養皿中，然後發現有些細菌會刺激霍亂的生長，但是出乎他的意料之外，有些細菌卻可以阻礙它。這使他開始思索是否吞下某些類型的有益菌將有助於預防致命的疾病。他也為一個事實感到驚訝：儘管農村的生活條件惡劣、貧困、衛生條件又差，但是仍然有些人可以很長壽。
在保加利亞時，他注意到有些住在高加索山脈（Caucasus Mountains）的農夫活到超過一百歲。他觀察到最年長的村民都會飲用含有保加利亞乳桿菌（Lactobacillus bulgaricus）的發酵優格。梅契尼可夫於是提出長壽的一個秘密在於攝取健康的細菌，後來科學研究證明他是對的，他也因免疫上的開創性研究而贏得一九○八年的諾貝爾獎。
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