引起慢性咳嗽的成因很多，各系統的疾病都可能出現咳嗽症狀，家長可先到兒童胸腔科、免疫科或感染科門診做初步的診療，當懷疑是其他科別的問題時，再由醫師協助轉介到適合的科別即可。
常見的慢性咳嗽的原因如下：
- 腦神經科相關：例如妥瑞氏症，這些孩子常有乾咳、清喉嚨或是合併一些奇怪的習慣動作，通常在壓力增加或是別人注意他時，症狀較明顯。
- 耳鼻喉科相關：鼻竇炎是門診慢性咳嗽看不好最常見的原因，鼻竇炎常因鼻涕倒流而引起咳嗽，且往往躺著時會咳的比較厲害，一旦診斷鼻竇炎，則建議使用抗生素治療。
- 胸腔科相關：先天氣道結構異常、氣管食道廔管或異物吸入等都可能引起慢性咳嗽。對於三歲以下的兒童，咳嗽一直治療不好，有時必須考慮是否是因異物造成，除了嗆到造成異物吸入外，有些兒童喜歡把小東西往身上塞，所以異物不一定在氣管內，因此除了胸部X光以外，可能需要進一步安排支氣管鏡或電腦斷層檢查，有時也必須檢查兒童鼻腔和耳朵，以排除造成咳嗽的原因。
- 腸胃科相關：胃食道逆流是不常見但可能造成慢性咳嗽的原因之一，逆流物會刺激咳嗽神經，並可能會造成類似氣喘發作時咻咻的呼吸音，病患可能在進食後發作咳嗽，且胸口可能有灼熱感，需要作胃鏡或其他影像才能確定診斷。
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