我們以微生物生長的六大關鍵因子套用在舒肥法上，其中「空氣」、「溫度」與「時間」就是影響舒肥是否安全的關鍵因子。
空氣：抽真空抑制絕大部分食品危害菌滋長
舒肥有抽真空的特色，能降低微生物滋生的問題。大部分的食品危害菌是好氧性細菌，也就是在抽真空的情形下，就能抑制這些細菌的生長。
有些舒肥玩家會用真空食物保存機將肉抽真空，這樣確實可以減輕好氧性微生物污染的問題，但而有些都只是拿個夾鏈袋裝著肉，接著把裡面空氣擠掉後就丟入低溫水槽中烹煮，這樣其實沒有達到真空狀態，會因此減少了真空抵禦微生物的一個屏障。
但因為舒肥通常都用於肉上，如果抽了真空，就又多了肉毒桿菌滋長的疑慮，這就留在後續囉。
舒肥溫度低，但是足夠殺菌
舒肥原先只是指真空狀態，後續可以用任何溫度烹煮，依照烹煮對殺菌的成效可以分成「滅菌」或「殺菌」程度。
一般而言，細菌的滋長帶為10-60°C區間，所以很多人都會認為舒肥的溫度剛好在這區間內，所以可能造成食品安全的疑慮。
但實際上，真正危險的區間是在20-50°C，在50-55°C，或者是55-60°C都還算是可以耐受的程度，而也有些細菌在此階段就會開始死亡，所以舒肥挑選衛生良好的冷凍冷藏肉，再進行舒肥，是不會有太多的食安疑慮。
D值是殺菌或滅菌的衡量指標之一，這個數值是指在特定溫度下殺菌，細菌數量會下降至原先的10-1（原本數量的10%）。
考慮到生肉上細菌含量的狀況下，許多文獻與官方資料建議餐廳或家裡烹煮的殺菌成效至少達到3個D值，也就是說要讓細菌降到原本的千分之一，若要更嚴格則是要減少到7個D值（千萬分之一），才能確保安全。
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