好菌
一般常提到的各種益生菌，以乳酸菌與部份酵母菌種為主，可以促進腸道菌種平衡，增進人體健康。常見的好菌包括：
1.嗜乳酸桿菌：又稱Ａ菌，主要分佈在小腸，族群數量最大，具有強化免疫力、降低膽固醇及調節腸道細菌平衡作用。
2.比菲德氏菌：又稱Ｂ菌，或是雙歧桿菌，能夠製造酸性環境，減少壞菌繁殖，抵抗病原菌的感染，同時還能抑制腸內腐敗物質產生，及合成維生素Ｂ群。
3.乾酪乳酸桿菌：又稱Ｃ菌，或是凱氏乳酸菌，可以有效抵擋胃酸，順利到達腸道。預防腸道不適，提升免疫力，促進嗜酸乳桿菌成長，抑制過敏性物質釋放。
4.副乾酪乳酸桿菌：又稱ＬＰ菌，能耐胃酸，順利到達腸道，可以抗過敏，減低發炎反應。
壞菌
例如魏氏桿菌、大腸桿菌等。當這些菌種佔優勢時，會讓消化不完全的蛋白質腐敗，產生有害毒素。然而，他們並非一無是處，大腸桿菌可以生成維生素Ｋ，分解非水溶性膳食纖維，並能擊退外來的病原菌、那些「好菌」無法應付的對手。
日本理化學研究所的一項實驗則顯示了「好菌」、「壞菌」更深一層的關係。他們發現，比菲德氏菌吸收果糖產生醋酸，保護腸道免於大腸桿菌O157分泌的毒素侵害，但是給予更多比菲德氏菌並無法殺死O157或減少毒素，反倒是O157會吸收比菲德氏菌生成的胺基酸，當做自己的能源。這代表兩者其實是共生關係。
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