其實動物性乳酸菌跟植物性乳酸菌最大的差異是在製作過程，以動物性乳酸菌來說，各類乳製品通常是在人工監控著溫度、衛生等各式各樣的管理下產生出來的，由於製作環境比較優渥，因此難以對抗其他細菌以及胃酸或膽汁的消化。
而植物性乳酸菌的生產環境，除了溫度偏低之外，鹽分以及酸性物質的含量也都比較高。乳酸菌必須與各式各樣的細菌和酵母競爭才能存活下來，這使得植物性乳酸菌除了活性較強，也更能在人體內抵擋外敵而順利進入腸道發揮作用。
但是在進入腸道之前死亡也並不代表動物性乳酸菌就沒有作用，因為乳酸菌在死後除了能成為其他益菌的養分，也能刺激小腸的免疫組織從而產生免疫力。換言之，只要乳酸菌進到身體裡就對身體有幫助。
因此小泉教授建議，每個人的腸道環境都有所不同，能夠存活下來並有效發揮的菌種也因人而異，不論是動物性乳酸菌或植物性乳酸菌，兩者都攝取，就能進一步增強它們的整腸效果。
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