許多先天性因素影響患者免疫功能，使其能容忍子宮內膜細胞被種植入不正常的部位，並且生存及繁殖，如果是免疫正常的人，內膜細胞應該很會的會被消滅才是。中醫藉由調整患者的免疫系統來治療子宮內膜異位有很好的療效，可以從改善體質徹底治本。
中醫認為異位內膜週期性出血為「瘀血」，《醫學入門》中提到：「癥者堅而不走，瘕者堅而能移……其為病皆因疾發及經水時……皆必夾瘀血而後成形」，「癥瘕」學說與現代醫學認同的「經血倒流回腹腔，是子宮內膜異位症的主要原因」相當類似。
瘀血凝滯，不通則痛，瘀久積為癥瘕，則形成結節腫塊，症狀產生主要由異位的子宮內膜週期性出血，並形成局部瘀血成為典型的瘀血症候，所以活血化瘀為治療本病的基本治療法則。此外，腎虛是此病內在因素和最後的結果，先天遺傳因素也歸於腎這個臟腑，因此從補腎與化瘀兩方面結合，可以提高臨床療效，防止內膜異位的程度更加嚴重，不過仍需視患者病情，酌量配合行氣、袪寒或清熱藥物。
中醫對巧克力囊腫的治療方針
門診遇過一位三十六歲的患者患有巧克力囊腫，經常月經期就會流鼻血，經檢查發現原來是內膜異位組織出現在鼻黏膜上，這位患者因為巧克力囊腫引發的劇烈腹痛，所以做了手術切除，術後雖然情況有好轉，但是二年後又復發。子宮內膜異位症的復發率幾乎是99％，五年內的復發率高達60％，急症採取西醫手術治療之後，藉由中醫改變子宮環境仍然是最佳選項。
中醫治療巧克力囊腫在於穩定子宮內膜，讓內膜不再異位，並且讓異位在卵巢的內膜組織萎縮。巧克力囊腫代表著瘀血阻塞脈絡，瘀血內結日久，便成癥瘕積聚，中醫治療瘀血以活血化瘀方法為主。
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