益生菌所喜歡的食物，也被稱為「益菌生」或「益生源」（prebiotics），能夠幫助益生菌生長、產生有機酸，除了對抗喜歡鹼性環境的壞菌外，也能促進腸道表皮細胞的代謝機能。另外，益生菌所產生的物質也包括多種短鏈脂肪酸，吸收到血液中後，有助於維持代謝機能正常。
益菌生的來源，主要包括寡糖、啤酒酵母和膳食纖維。寡糖是乳酸菌的能量來源，能夠增加乳酸菌活性、促進比菲德氏菌增殖，且不容易造成蛀牙或體重上升；啤酒酵母含有蛋白質及維生素B群，有助腸內益菌發育，並幫助消化；膳食纖維則有多種多醣類，是乳酸菌喜愛的食物來源。
益菌生和益生菌一樣，不一定需要以營養補充品的形式補充，即使在日常食物中也很豐富。健康媒體《Authority Nutrition》介紹了多種具有益菌生效果的食物，現在就開始多吃這些蔬果、穀類，讓腸道好菌也頭好壯壯、增強免疫力吧！
大蒜
大蒜的食物纖維中，含有11%的菊糖和6%的果寡糖，能夠促進比菲德氏菌生長，並預防致病菌增加。此外，大蒜的萃取物可能有助於減少心臟相關疾病，並能夠抗癌、抗菌、抗氧化，也可能有助改善氣喘。
洋蔥
菊糖和果寡糖，在洋蔥的膳食纖維中分別佔了10%和6%。果寡糖能夠強化腸道菌叢、幫助脂肪分解，並藉由增加細胞製造一氧化氮，促進免疫機能。洋蔥中豐富的槲皮素，具有抗癌、抗氧化等效果，並能夠幫助對抗病菌、強化心血管系統。
蘆筍
每100公克的蘆筍中，含有約2~3克的菊糖，能夠促進腸道益菌生長，並預防特定癌症。蘆筍中的纖維和抗氧化物組合，也具有抗發炎的功效。
香蕉
香蕉含有少量的菊糖，以及豐富的維生素、礦物質和食物纖維。另外，未熟的青香蕉含有大量的抗性澱粉，也具有益菌生的效果。這些膳食纖維，被認為能夠增加腸道好菌，並減少腹脹問題。
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