即便專業的快篩試劑也可能有誤差問題，胸腔暨重症專科醫師黃軒曾為文指出，快篩工具各自的敏感度不同，除了陽性率不同外，也表示偽陰性的機率不同。
衛福部常務次長石崇良也曾受訪指出，各類試劑敏感度不同，若Ct值超過25可能有偽陰性問題，因此有症狀再驗，較容易驗出來。而除了唾液快篩、一般家用快篩的檢測方式不同外，不同廠牌的快篩試劑可能也有落差。有網友分別使用不同品牌的快篩試劑，卻得出2種相反的結果。
台大醫院急診醫學部臨床副教授、哈佛大學藥物流行病學博士李建璋則為文指出，和官方準確率相比，頂級醫學期刊文獻中的快篩準確率普遍會下降10％以上，這並非廠商資料誇大其辭，而是真實世界中的病毒量、檢體品質差異大，使用環境不可能如實驗室相同的緣故。若要提升陽性率，則必須在接觸感染後的5天、有症狀、而且病毒量高情況下才有可能提升靈敏度拉到80%以上。
民生醫院副院長林俊祐也曾於記者會說明，若在剛感染或接近痊癒的狀況，當病毒抗原量不夠多的情況下，可能會導致呈現偽陰性。
醫師6次快篩陰性恐非個案，透過採檢喉嚨提升快篩靈敏度
李建璋教授於臉書為聞引述庚放射科陳煥武醫師分享的個人經驗，表示CT值明明15，竟出現高達6次快篩陰性，而臉友的熱烈回饋也顯示這可能非單一個案。除了病毒量低難以檢出外，先攻擊喉嚨是台灣流行的Omicron病毒株大特色，若僅從鼻子快篩恐怕也無法採檢到病毒最多之處。此時該怎麼辦呢？在這樣的情況下，除了盡可能地使用正確的方式「插鼻子」外，若能透過兩個快篩試劑同時採檢，或許可以進一步提升快篩準確率。
李建璋於臉書引述加拿大研究資料指出，只要做兩個快篩，用2隻棉棒分別採檢鼻子與喉嚨，快篩敏感度就可以進步至88.1％。該研究品質可信度高，方法簡單，卻可以顯著地大幅提升快篩正確度，李建璋教授認為十分值得推廣。
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