台大兒醫院長黃立民曾受訪指出，新冠病毒和流感有點像，有些兒童的病況會突然惡化，引發為腦炎，病毒攻擊呼吸道的程度沒到那麼嚴重，但是就是會攻擊大腦，尤其在小小孩身上難以預測，通常都等到發作了才知道罹患腦炎。
由於腦炎是相當嚴重的兒童重症，指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞也於記者會公布了兒童腦炎的8大前驅症狀，而這些前驅症狀也不限於新冠病毒才會產生，若家長觀察到小孩出現下述症狀，應立即就醫評估，以免憾事發生：
- 體溫大於41度
- 持續昏睡
- 持續嘔吐
- 意識不佳
- 產生幻覺
- 持續頭痛
- 肌躍型抽搐
- 步態不穩
中山醫大附設醫院兒童急診科主任謝宗學則曾為文指出，兒童雖體溫調節中樞暫未成熟，容易高燒，但很少超過41度，因此一旦超過，就可能表示併發腦炎或敗血症。
而幼童的發生機率與疾病嚴重度也隨著年紀越小隨之增加，通常5歲以下的幼童較易出現嚴重急性腦炎。由於難以事前預防，因此不要讓兒童染疫是避免嚴重急性腦炎的唯一方法，建議新冠大流行高峰期，盡量不要帶孩子參與不必要的社交活動或出入公共場所。
腦炎是指人體腦部處於發炎狀態，大多起因於病毒感染，包含單純皰疹病毒、日本腦炎病毒、腸病毒、EB病毒等，免疫力較弱的族群，如小孩、老人需特別注意，當有類似普通感冒症狀，合併神經性異常，就要提高警覺！
腦炎可由多種病毒引起，多以血液感染傳至中樞神經
事實上，不只新冠病毒，任何病毒皆可能引發腦炎。通常引發腦炎的因素，和年紀及生活環境相關，根據台北榮民總醫院衛教資料指出，每年台灣地區皆會有不少的腦炎案例，患者輕則痊癒，重則導致智能障礙等嚴重後遺症。若出現記憶力衰退、行為反常等急性精神功能惡化，或是抽搐驚厥、肌肉痙攣等症狀，必須立刻送醫。
嘉義長庚醫院小兒科主治醫師于義正曾撰文指出，病毒所引發的腦炎除了單純皰疹病毒第一型為直接侵犯神經之外，其餘皆經由血液傳至中樞神經；另外，也有些病毒會藉由節肢動物，如日本腦炎病毒經由三斑家蚊感染，或是由嚙齒類動物咬傷，如狂犬病病毒所引起。
根據過去台北榮民總醫院神經科團隊發表在《感染控制雜誌》第十一卷 -第一期(90)的資料顯示，由於引發腦炎的原因很多，在嚴格追查下，仍有50%的病例無法找到病原體，診斷困難，即使經過腦部切片檢查，也僅有45%的個案能確診。
就流行病觀點，腦炎可分為季節性即非季節性，根據病原體分類，100種以上的病毒及細菌都可產生腦炎。較常見的腦炎包括腸病毒與中樞神經感染、小兒麻痺症、單純皰疹性腦炎、日本腦炎、腦膜炎球菌感染，以及萊姆病。
其中，由日本腦炎病毒所引起的日本腦炎，一旦發病，致死率達20-30%，且30-50%倖存者會留下永久的神經性症狀或精神異常。另外，雖然目前罹患日本腦炎的兒童比率已下降，但近20年來病例有成人化的趨勢，9成以上的病例都是成人，以40-50歲，且住在稻田旁、養豬戶等生活環境中有較多蚊子者居多。疾管署說明，原因是該年齡層大多未接種過疫苗；在1968年實施孩童公費施打日本腦炎疫苗後，兒童病例才明顯下降。