口腔衛生不佳的人有較高的風險得到牙齦疾病。
牙齦炎是牙齒表面上的菌斑引起的牙齦發炎。牙周病是一種低度而慢性的發炎。它是由致病菌引的牙齦發炎，可導致骨質流失、沾黏性喪失、牙齒鬆動甚至喪失。除非定期看牙醫，牙周病常不被人察覺，也常常不會造成不適。美國疾管局的統計，約 47% 的人有牙周病，而 65 歲以上的人約 70% 罹患牙周病。最近幾年的研究發現，口腔的細菌除了能夠引起阿茲海默症外，也和身體許多疾病有關。
2005 年科學家以牙齦紫質單孢菌感染豬做實驗發現，即便沒有高膽固醇血症，反覆的菌血症也會引起冠狀動脈和主動脈粥狀硬化。有許多研究發現，在動脈的粥樣斑塊中可找到牙周病的細菌。目前有許多專家認為牙齦紫質單孢菌會促進動脈粥狀硬化的發生。美國牙周病學會也指出，牙周病患者罹患冠狀動脈疾病的機率比一般人高一倍。此外，與牙周炎有關的細菌進入血液循環會造成 C 反應蛋白的上升。C 反應蛋白是血管發炎的標記。
2014 年科學家以老鼠做實驗發現，口腔感染牙齦紫質單孢菌會改變腸道菌叢，增加擬桿菌門細菌和減少厚壁菌門細菌，這種菌相的改變會導致迴腸的漏失，而產生內毒素血症和全身性的發炎。近年來有研究發現類風濕性關節炎的病人有較高的機率罹患牙周病，尤其是ACPA- 陽性的類風濕性關節炎。
由上述可知，口腔衛生和健康極為重要，不是只有造成牙周病而已。所以減少口腔的細菌滋長是非常重要的保健方式。目前已知會增加口腔細菌滋長的情況包括抽煙、用藥、基因、食物的種類、青春期和懷孕。此外，如果有牙齦炎的話，也要積極的治療治療。因為如果牙齦炎不治療的話，牙齒和牙齦中間會形成一個牙齦下小袋，其內充滿了細菌。在這種情況下幾乎不可能除掉細菌了。這是很重要的議題，因為大約一半左右的成年人都曾經罹患過牙齦炎。
比上述例子更駭人聽聞的是
口腔細菌「具核梭桿菌」竟然和大腸癌有關！
2011 年分別有三組有科學家同時研究大腸直腸癌和遠離癌症之正常大腸組織。比較這兩組樣本的腸道菌叢後發現，大腸直腸癌的樣本有一個共同處，那就存在大量的具核梭桿菌基因。
2014 年有研究發現，具核梭桿菌竟然是「穴居在」大腸癌細胞中。也就是說這些細菌住在大腸癌中，不過是在癌細胞的外面。研究發現，有一半的大腸直腸癌可找到這種細菌的存在，而且令人驚訝的是腫瘤發生肝轉移時，這種細菌也跟著出現在轉移的癌症組織中。
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