小腸絨毛是消化吸收的主要部位，小腸絨毛遭受破壞，身體無法完整吸收進入體內的食物，食物沒辦法被分解成小分子，未被完整消化的大分子就會透過細胞中的小間隙，流入腸道下方的免疫系統組織中，而免疫系統將產生對抗食物分子的免疫細胞留在體內，導致疾病發生。因此，腸道通透性與身體健康之間的關係，往往是息息相關的。
許多研究都顯示，腸漏症會影響腸道菌叢的分布，當壞菌比較多的時候，例如：吃了紅肉之後，一種叫作三甲胺氧化物（Trimethylamine N-Oxide，TMAO）的物質會被代謝出來，一旦腸道菌叢失衡，通過肝臟代謝後，體內TMAO會上升，這些不好的代謝產物，將增加心血管疾病罹患的風險。
潛「腸」危機──為何小腸菌叢會過度增生？
現代人壓力過大，胃潰瘍、胃食道逆流等症狀都相當常見，一旦發生這些問題，大多數人都會使用制酸劑來改善。
現代人不可避免的SIBO「趨勢性診斷」
過去認為，SIBO只會出現在「短腸症」的病人身上，然而如今，SIBO已經無可避免地成為一種「趨勢性診斷」。究其原因首要是飲食――加工食品、含糖飲料攝取太多。
◆ 首要原因：攝取過多加工食品、含糖飲料所致
腸道的菌種喜愛甜食，尤其含有益生菌的飲料，例如：乳酸飲料等，這類發酵飲品通常糖分都較高，是為了讓菌種能夠在瓶裝飲料中存活。儘管補充益生菌看似不是件壞事，但如果伴隨著SIBO的身體問題時，就絕對不是什麼好事了！
此時千萬不能再喝發酵飲品，否則隨著補充益菌的同時，小腸菌叢也會越長越多。另外，如果正在進行腸道癌症的放射性療法，也可能導致SIBO的問題。
◆ 第二原因：胃酸過少所致
第二個原因，是由於胃酸過少，導致的胃食道逆流。隨著年齡的增長，老化將導致分泌胃酸的功能逐漸喪失，因而造成胃酸減少。從2010到2013年這段時間中，有許多文章在探討低胃酸與胃食道逆流的相關性，胃食道逆流的成因很多，最常見的是胃酸過多，目前的藥物療法多是使用製酸劑，來減少胃食道逆流造成的不適。但有一部分人，尤其是老年人屬於胃酸過少型。由於缺乏胃酸導致消化不完全，食物一直存留在胃裡面，這樣的壓力迫使下食道括約肌張開，導致胃食道逆流現象。
現代人壓力過大，胃潰瘍、胃食道逆流等症狀似乎都相當常見，一旦發生這些問題，大多數人都會使用制酸劑來加以改善。然而，長期使用制酸劑會導致體內的胃酸變少，進而使得人體無法好好消化食物；再者，pH 值偏低的胃酸具有殺菌功能，當胃酸缺乏時，就無法抑制腸道菌的增生，最後，菌種累積在腸道之中，變成腸道菌叢增生的狀態。
現代的生活習慣，特別是在美國，當美國人覺得自己胃酸逆流的時候，在藥妝店就能直接購買到制酸劑，尤以氫離子幫浦抑制劑更甚，它會抑制胃酸的分泌，這些都是造成SIBO在近幾年形成趨勢的危險因子。
還有一類人的情況與胃酸過少很類似，天生膽汁或消化酵素分泌不足，或是壓力過大導致消化酵素分泌過少，這類型的人在食物消化過程中，也會有消化不完全的狀況，當食物在腸道內發酵，細菌就會因而增生。
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