馬桶潛藏危機1：免治馬桶可能造成低溫燙傷
在日本，超過6成以上家庭都有使用免治馬桶的習慣，使用的人多，也較能發現一些不容易被注意的到的潛在危機。根據「日本獨立行政法人製品評價技術基盤機構」進行的調查，發現有部分民眾竟然因為免治馬桶造成低溫燙傷，必須就醫治療。
日本皮膚科醫師、醫學博士野田真喜指出，我們的皮膚如果接觸到高於42度的溫度，例如暖爐、免治馬桶等，短時間內可能覺得舒服、溫暖，但若是時間過久，就有可能造成細胞變化，引起燙傷。尤其是皮膚不夠敏感的年長者、糖尿病患者等，更是要特別注意，臨床上甚至不乏低溫燙傷引起組織壞死、必須截肢保命的案例。
日本居家網站日刊Sumai指出，為了避免這樣的情況，建議平常就將免治馬桶的溫度調到最低，並在使用馬桶前先關掉溫熱功能，用完以後再打開，天冷時就不怕屁股感到冷冰冰，還能同時避免低溫燙傷。
馬桶潛藏危機2：免治馬桶可能傳染病菌
日本大阪肛門科診療所副院長佐佐木みのり（暫譯：佐佐木美野里）則認為，免治馬桶對人體可能造成以下傷害：
- 過度清潔
人體皮膚受一層薄薄的皮脂保護，可以防止黴菌等病菌入侵，但如果使用免治馬桶造成過度清洗，容易讓皮脂脫落而使皮膚受傷，甚至提高感染風險。 - 直接傷害直腸
免治馬桶的水柱可能進入肛門中、和殘便混合而讓糞便成為液狀物、容易漏出，甚至引起肛門皮膚發炎。這會讓皮膚變得僵硬、萎縮，造成肛門狹窄、造成便秘。甚至有水柱過強，直接讓直腸受傷、大量出血送醫急救的案例。 - 傳染疾病
免治馬桶的噴嘴也容易沾染病菌，並隨著水柱感染使用者，例如糞便如果沾染到噴嘴上，下一個人使用時也可能接觸到病菌而感染，引起膀胱炎、陰道炎。佐佐木美野里甚至指出，日本近年肛門發生性病的案例逐漸增加，甚至出現小朋友染上性病的案例，很可能就是免治馬桶造成的。除此之外，也有泌尿科醫師發表相關論文，指出免治馬桶可能是復發性膀胱炎的重要原因。
佐佐木美野里表示，可以的話最好不要使用免治馬桶的清洗功能，也不要使用肥皂、濕紙巾、肛門專用噴霧、消毒藥水等方式清潔肛門，以免造成過度清潔，以免使肛門周圍能夠幫助抵抗病菌的正常菌叢被殺死，建議在便後輕輕用衛生紙擦拭3次即可。
如果一定要使用清洗功能的話，日本小兒科醫師、醫學博士清益功浩建議，用最弱的強度清洗5～10秒的時間為宜，也絕對不可用於清洗肛門以外的用途，例如用來刺激排便，或是用來進行腸內清洗、陰部清洗等，以免造成健康上的危害。