許多個案的糞便呈現淡白色並且漂浮於水面，這說明了孩子無法消化脂肪。通常孩子會有非常嚴重的便祕現象，他或她可能5~7天或更多天才進行排便，這樣一來會造成非常巨大和使孩子感到疼痛的糞便。這種經驗使孩子恐懼排便，所以他們會盡可能忍愈久愈好，但這卻使得整個問題變得更加糟糕。
有些父母沒有發現孩子的糞便有任何不對勁，但是當問起是否注意到孩子有明顯的腸胃氣脹和脹氣，他們都會說有。這些孩子中許多人會在半夜尖叫醒來，但是父母完全不知道他哪裡不舒服。直到過多的氣體被釋放或移動到腸子的不同部位，使得疼痛消失，孩子才會平靜下來。
所有這些症狀毫無疑問地會造成自閉症孩子許多的不舒服與疼痛。但是不幸地，因為他們無法與人溝通，大部分自閉症的孩子無法告訴父母自己哪裡不舒服，所以他們會用其他方式去表達他們的感覺︰自我刺激、自我傷害、暴怒和拒絕進食等等。為了緩解腹部的不舒服，許多孩子會採取怪異的姿勢和位置，通常是將他們的肚子壓在一個家具的堅硬部分上。其他患有GAPS症狀而無溝通問題的兒童，通常會抱怨肚子痛和感覺噁心。
這些兒童個案大多數不會被腸胃科醫生所檢驗或研究。在少數已發表的自閉症兒童的研究中，使用X 光檢查他們的消化道幾乎總是呈現出一種稱為「糞便壓實伴隨過度溢出綜合症（faecal compaction with an over-spill syndrome）。」
它的意思是什麼呢？它意謂著大量老舊、緊實的糞便確確實實地黏著在消化道的管壁上，它們會在那裡停留數個月，提供了一個肥沃的腐爛環境給各種寄生蟲、細菌、真菌和病毒去繁殖和成長茁壯，並且持續產生大量、會被血管吸收的有毒物質。
這種情況下，孩子吃下去的新食物都會自這些壓實糞便之間的狹窄通道滲出。所以這些孩子排出來的糞便都是過剩的，它們並不會清空腸道，因此有了「過度溢出綜合症」這個名稱。