醬油
開門七件事之一的醬油，利用黃豆發酵、經過一年以上熟成，是自古傳承下來最具歷史的益生菌食物。不過現今市面上販售的醬油，並不全都是這種經過「釀造」方式生產的醬油。食品藥物管理署已經公佈管理辦法，規定如果是以酸或酵素快速水解，未經發酵過程應標示為「水解」，有發酵過程應標示為「速成」，將於2019年正式實行。
味噌
味噌同樣是用黃豆製成的，不僅蛋白質含量豐富，還能抑制膽固醇、清潔血管、延緩老化、補充女性荷爾蒙，同時預防虛冷和貧血。不過煮味噌湯時，千萬不可以在沸騰時放入味噌，因高溫會破壞味噌的乳酸菌與酵母，應該先等煮滾後熄火，等湯冷卻後（約50度，微溫）加入味噌拌勻，再開火煮一會即可（不可久煮到滾）。
泡菜
在這裡推薦給大家的台灣常見益生菌好食中，泡菜應該是最受歡迎也最容易取得的食物。不過，泡菜並不完全都是用「發酵」的方式製成。最簡單的分辨方式為，如果只是用鹽、糖、醋等調味料處理、往往隔天就能吃的，就是單純醃漬泡菜，不具備可以發酵的益菌；製作時鹽分太高、含油質成分的泡菜因不利乳酸菌生長，也不算是發酵食物。
優酪乳
牛奶發酵製成的優酪乳，本身含有許多有益腸道的乳酸菌，不過優酪乳其實要注意產品本身添加的糖量不宜過多（國民健康署建議每日攝取的「添加糖」不超過45克）外，東京醫科牙科大學教授藤田紘一郎指出，腸道能留住哪些吃下去的益生菌，每個人狀況都不相同，因此建議同一種優酪乳連續吃兩星期，觀察自己排便或皮膚狀態便可知道是否適合自己。