而另有日本研究指出，在私密處內檢查到壞菌的病例裡，有92％的人都有使用免治馬桶。本來不該在私密處存在的一些壞菌，很有可能透過不斷地沖水而侵入體內。
早產和流產也跟過度清潔環環相扣
早產或流產的原因很多，包括染色體異常、免疫機能異常、發炎感染、內分泌異常等，也有婦產科醫師指出20％以上的習慣性流產，即使接受完整檢查也找不出原因。而藤田紘一郎則表示，50～60％的早產或是流產，可能是陰道發炎導致。
過度用水清潔，不僅讓我們私密處的好菌流失、降低對壞菌的抵抗力、引起發炎感染，也會提高相關疾病的風險。因此，預防陰道發炎的其中一個重點，就是要避免用水過度、過於頻繁的清潔私密處。
對「後面」也不好
但我們不可否認，免治馬桶的溫度，在寒冷的天氣是一大福音。在日本也有越來越多的男性，不管大小號都坐在免治馬桶上，尤其大號時，用水沖洗過總是令人比較放心。
但是，如同前面所說的道理，過度的清潔和水壓，也會使臀部的常駐的好菌被沖掉、皮膚環境變得中性、角質變薄等等，而且本來存在於糞便或是腸道裡的細菌，容易沾黏在肛門附近的肌膚，這些本來在其原有的地方是好菌的菌種，離開了原位後，就容易變壞、引起發炎。
因此藤田紘一郎認為，正常頻率地使用免治馬桶是沒有問題的，但如果開始覺得「後面」不舒服的人，首先應戒掉用免治馬桶、或每次上完大號都用水洗的習慣，當然我們還是會對上完廁所後，排泄物的髒污感到不安，這時候衛生紙還是我們最好的夥伴，輕柔的用衛生紙擦拭，就是最好的清潔方法了。
另外日本NPO法人女性線上醫療會的副理事長，吉野一枝醫生表示，上完大號後，大家都知道，正確的擦拭方式是由前往後擦。但如果是行動不便、手部較難使力，或是小朋友的話，建議可以用左右、橫著擦，不管是誰都可以不用擔心髒污或感染的問題了。
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