根據台灣食品科學技術學會指出，製作味噌的種麴跟黃麴菌不同，而在接種大量麴菌之後，並無黃麴菌可生長的空間，若有完善的製造過程及適當的保存環境，則不會產生黃麴毒素。
食藥署說明，味噌含有豐富的鐵、鉀、磷、硫等礦物質成分，也富含大豆異黃酮、維生素E、異黃酮素（如Daidzein）、皂素（Sapponin）等營養素。但因味噌所含鹽份及蛋白質較高，長期食用對身體負擔較大，建議適量攝取。若罹患高血壓、痛風、腎臟病患者等，則需限量食用。
日本人長壽秘訣之一：味噌湯
醫學博士藤田紘一郎在《50歲以後不要吃碳水化合物》一書中指出，味噌是用酵母做成的發酵食品，不僅含有色胺酸，能合成有「幸福荷爾蒙」之稱的血清素，讓情緒更平穩。味噌的抗活性氧能力也佳，由於50歲以上的人體內較容易產生活性氧，所以平常更要多多食用味噌湯，以抑制體內的活性氧。
另外，研究也發現，一天食用3碗以上味噌湯，豐富的大豆異黃酮可讓罹患乳癌的機率降低40%。含有的蛋白質還可減少壞膽固醇、預防腦血栓形成，大豆卵磷脂則能抑制抑制肝脂肪囤積，並改善失眠。建議煮味噌湯時添加豆腐及裙帶菜，補充膳食纖維，重整腸道環境，加強解毒及免疫機能，身體自然健康。也可做成和風味噌煮鯖魚，可暢通血液，預防腦梗塞及心肌梗塞。