低碳水飲食對心血管疾病的風險研究結果並不一致
流行病學的調查中，發現攝取低碳水化合物、高脂與高蛋白的飲食型態會提高健康的風險。
2007年發表在歐洲臨床營養期刊的研究，追蹤近2萬3千位希臘健康成年人達10年，結果發現低碳水化合物高蛋白質的飲食會與死亡率呈現正相關，同年發表在《內科醫學期刊》的研究，追蹤4.2萬中年女性達12年也做出相同的結論。
哈佛大學營養系的方教授（Teresa Fung）分析美國兩項大型世代研究資料庫的數據，其中男女分別有4.5萬與8.5萬人，此資料庫收集數據的時間長達20年。結果顯示攝取低碳水化合物者會與死亡率有些微弱的正相關性，但若進一步將這些人的蛋白質來源分成植物性與動物性後，發現攝取低碳水化合物飲食且蛋白質主要以動物性來源者，除了與總死亡率有顯著相關外，也會與癌症罹患風險有關。
在於心血管疾病風險方面，2013年歐洲一項探討4.3萬位女性的研究分析了碳水化合物和蛋白質攝取量與心血管疾病發生率的相關性，結果指出低碳水化合物高蛋白質飲食會增加心血管疾病的風險。但是針對這一項歐洲的試驗，也有英國學者提出質疑，認為對阿金飲食的定義錯誤與實驗數據詮釋上有些問題
不過也有研究持反面的意見，哈佛大學營養系的胡教授於2006年發表於世界重量級期刊《新英格蘭醫學期刊》，在此研究中同樣以護士健康資料庫作為數據來源，分析女性的碳水化合物、蛋白質、脂肪等巨量營養素攝取量與冠心病風險的相關性，結果指出低碳水化合物飲食並未增加冠狀動脈心臟疾病的問題。
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