益生菌可以幫助抗發炎細胞活動，或是產生干擾素，抑制發炎細胞產生過敏反應，誘導免疫反應能夠正常進行。
因此，擁有足夠的益生菌，的確能減緩身體發炎、過敏現象。此外，補充益生菌，也能養護腸道益生菌叢，讓身體更有本錢對抗外來壞分子。
雖然並非所有益生菌菌種都能對抗過敏，但多元的腸道菌叢，的確能增強腸內的整體免疫機制。有些功能性益生菌經過臨床實驗後，也證實能減輕發炎，並幫助尚未過敏的人，預防被過敏症狀擾亂生活。
徐世達分析，
國內一項研究發現，準媽媽在產前四個月服用乳酸菌，過敏機率也能從50%降到23%，寶寶濕疹則由30%降為13%。
顯示產婦服用益生菌能同時降低母子過敏的機會。而從小吃母乳的嬰兒，其腸道內也會含有較多的比菲德氏菌和乳酸桿菌。有些人補充了益生菌，效果並不一定會好。因為菌不見得能順利定居在腸道黏膜上。徐世達研究報告中指出，半乳糖寡糖（Galactooligosaccharides）、果糖寡糖（Fructo-oligosaccharides）、 菊糖（Inulin）、洋車前子 （Psyllium）等食物，它們的效用是可以促進體內益生菌的效果，所以稱為益菌生（Prebiotics）。如果將益生菌與益菌生混合起來使用，一般稱為共生質 （Synbiotics），會有比較好的效果。