但是「過敏」卻是指免疫系統過於「大驚小怪」，把生活中常見的大分子物質（如花粉、灰塵）都認定是入侵者；而慢性食物過敏患者的免疫系統，正是把各種食物都當成了敵人，雖然不至於引起劇烈的排斥作用，各種身體不適的症狀（如疼痛、疲倦）仍會隨之而來。
相對於一遇到敵人就劍拔弩張的「急性食物過敏」，「慢性食物過敏」是一壺溫吞水，不僅可能在進食後數小時或三四天後才引起身體的過敏反應，反應時間還可能持續長達數天到數個月甚至數年；慢性食物過敏的另一個特點是，不馬上發作。又稱之為「不耐受症侯」。
至於讓免疫系統變得大驚小怪的原因，可能是這個人本身的消化功能不良（例如胃酸與消化酵素分泌不足）、腸道內的菌叢失衡（例如使用抗生素導致腸道內的好、壞菌全軍覆沒），或是體內有發炎反應。
最受到關注的另一個因素，則是「腸漏症」（Leaky GutSyndrome）而導致不必要的大分子進入體內的免疫系統反應。
喜歡吃就拚命吃？小心破壞腸道、慢性食物過敏上身！
從許多慢性食物過敏的案例裡面，我們可以發現患者往往對自己最愛吃的食物呈現重度過敏反應，而且在暫時避免食用之後，身體健康也會明顯好轉。
這難道是個巧合？《過敏來找碴》一書解釋道，常吃自己喜歡的食物，或是素食者以青菜及豆類為主食，都是一種「慣性攝食行為」。
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