一旦睡眠節律遭打亂，腸道菌種和菌量將因此失調，不僅直接影響腸胃正常運作，更可能導致後續胃部發炎，引發消化、排便等問題，連帶影響肝臟機能，
說明腸道菌一旦受影響，可能整個身體健康都出狀況。該項由以色列科學研究所的小鼠研究發現，包括腸道好菌在內的腸道微生物，具有自己的生物時鐘，會隨著一天的時間產生規律性移動，進而讓腸道規律地暴露在不同微生物和它們的代謝產物下，一旦破壞此節奏，將影響宿主健康；研究人員還發現，若破壞小鼠原先的睡眠節奏，像是在睡覺時間進行餵食，不僅會干擾腸道微生物的規律性移動，還會改變腸道的菌種和菌量，該項研究已刊登於國際科學期刊《細胞》（Cell）。
過去大家只知道腸道有很多微生物，但此研究卻讓外界知道，原來腸道的菌種和菌量也會隨著晝夜而改變，一旦遭打亂，便可能影響到身體其他運作。研究過程中，研究人員先使用抗生素來殺死小鼠大部分的腸道微生物，進而觀察在腸道菌相被改變後，如何影響肝臟運作；而後在改變小鼠餵食時間時，竟也出現一樣的效應，說明當小鼠的規律作息遭打亂，即會影響腸道菌相，進而降低肝臟機能。
成大醫院小兒部暨小兒腸胃科主任楊燿榮表示，此研究說明，作息若不規律、睡眠不充足，將會影響腸道菌和肝臟的運作，進而損害身體健康。他強調，正常成人應睡足8小時，且理想的生物時鐘是晚上10點睡到早上6點，而在門診中也發現此趨勢，有便秘、腸躁症、消化不良等腸道不適症狀者，多有熬夜、睡不夠等習慣。
若因為工作需要輪班、值夜班，或時常得應付時差者，儘管睡足8小時，身體卻依然可能出狀況，因為腸道維生物的生物時鐘已遭打亂，讓腸內對代謝、平衡有益的「好菌」減少，有害身體的壞菌增多，可能導致便量減少、消化不良，甚至腸胃發炎等問題，不可不慎。
楊燿榮表示，若真迫於無奈、無法遵循正常作息，建議應透過飲食來補救，像是多吃富含纖維的蔬果，藉此提供腸道好菌所需的營養，不僅能增加其好菌數，還可助其分泌更多有益身體的功能物質；亦可選擇獲得國家認證的優酪乳，直接補充好菌，在忙碌的工作及生活中，以最方便的方式，盡可能維持腸道健康，不讓睡眠作息問題侵襲腸胃健康。