增加益生菌的飲食
不用費心想著如何消滅壞菌，只要增強「好菌」、也就是益生菌在腸道的優勢地位，就能保持腸道細菌的平衡，維持身體健康。要達到上述目標，一方面要適時補充益生菌的數量，另一方面則要多提供益生菌喜歡的食物，雙管齊下便能做到。
簡單地說，發酵食物因為透過乳酸菌或酵母菌等進行發酵過程，因此在食物中也會含有有益腸道的菌種。日本醫學博士藤田紘一郎就很推崇日本傳統發酵食物如味噌、納豆：
味噌
由黃豆發酵而成，會產生許多維生素B群，原本不易分解的蛋白質也因水解過程，變得容易被腸胃吸收。
納豆
含有大量令骨骼強健的維生素K與B2，鈣、磷、鈉、鉀、鐵等礦物質也很豐富，可預防老化及高血壓、心臟病。
醬油
用黃豆等原料經過一年以上的熟成過程，也是發酵食物的一種。不過現在市面上有很多不是傳統釀造法製作的速成醬油，並不算是發酵食物。