在新形成的細胞當中，也會有些細胞因為複製時的疏忽而發生錯誤。那就是癌細胞。
由於一兆個當中會產生五千個左右的癌細胞，就機率來說是極低，但錯誤還是經常發生。當癌細胞形成之後，免疫細胞就會一一將其擊退。當免疫細胞發現某個細胞時，會先判斷它是自己人還是外來的。若發現是外來的有害物質，就會將其殺死。
但面對癌細胞時的難處在於，它們並非外來的物質，而是原本正常細胞的瑕疵品，所以免疫細胞很難把它判定為「異物」。但是，免疫細胞還是會攻擊剛新生的癌細胞，並置之於死地。
由於七○％的免疫細胞都在腸道裡，所以癌症與腸內菌叢的密切關係自然無須贅言。其中，就負面意義來說最引人注目的就是大腸癌與壞菌。在日本人的癌症死亡率中，胃癌的比例原本就高，大腸癌則是少數派。
但
隨著飲食的歐美化，則開始出現了大腸癌死亡率增高、胃癌死亡率降低的傾向。
隨著肉食比例增加，腸內的壞菌也隨之增加。此外，因為壓力的原因，也讓壞菌的毒性增加。雖然原因尚未完全明朗，但我們可以大致追溯一下能夠想像得到的致癌過程。首先，攝取脂肪後，為了分解這些脂肪，肝臟會製造、分泌出膽汁。膽汁所含的膽汁酸會在腸道消化脂肪，將其分解為脂肪酸、甘油等物質。這些脂肪酸、甘油等會儲存在肝臟，而分泌出來的膽汁，則會經由小腸又到肝臟。
不過，這些膽汁並不會全部都回到肝臟，其中一部分會流向大腸。進入大腸後，有很多腸內菌會分解膽汁酸。這些腸內菌在分解膽汁酸後，會形成一種可稱為二次膽汁酸的物質，似乎就是這些物質誘發了癌症。甚至有學者斷言，攝取脂肪愈多的區域，因大腸癌死亡的機率愈高。
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