而益生菌在腸道中扮演許多的重要功能：(1)有助維生素B1、B2、B6、B12、K、菸鹼酸、葉酸等的合成；(2)維持腸道菌相平衡，減少有害菌代謝產生致癌物質；(3)調節腸道免疫系統，刺激巨噬細胞及淋巴細胞產生免疫球蛋白、干擾素及抗腫瘤因子等，進而達到抗腫瘤的功效；(4)抑制有害菌生長，刺激腸道蠕動，避免毒素累積在體內。(5)益生菌會分泌有機酸，促進鈣、鎂等礦物質的吸收。當然也包括(6)影響大腦的認知及其他功能。
大家一定很想知道，要選擇甚麼樣的食物，才能增加腸道中的益生菌、減少有害菌，讓腸道維持好的菌相？重點就是提供腸道益生菌喜歡的食物，這些食物我們又稱為益菌生（prebiotics），包含膳食纖維及寡糖（oligosaccharide）等。所謂寡糖，包括果寡糖、麥芽寡糖、異麥芽寡糖、半乳糖寡糖等。但要再次強調，果糖不是寡糖，當然更不是果寡糖，它是人類健康的大敵---單糖。
而有害菌則喜歡紅肉、脂肪和高糖分飲食，所以這些食物都不宜吃過量，因為，殘留在小腸內未被消化吸收的紅肉蛋白質與飽和脂肪，就會變成培養有害菌的溫床。如此一來，害菌增加，就不利於益生菌的生存。
所以在我們日常飲食方面，要儘量減少高油脂、高糖、紅肉、醃漬及燒烤食物的攝取，多吃富含膳食纖維及寡糖的食物，像是全穀類、黃豆、毛豆、蕃薯、南瓜、洋蔥、牛蒡、花椰菜、蕈菇類、蘆筍、木瓜、香蕉、海帶、海苔、新鮮蔬果等，都是膳食纖維及寡糖含量豐富的食物，平常注意多食用，就能創造好腸相，讓你更聰明、老人不癡呆喔！