事實上，答案有兩種。
如果以中視所播出的《科學小飛俠》卡通來說，指的是日本在1972年10月1日至1974年9月29日首次播出的《科学忍者隊ガッチャマン》（科學忍者隊Gatchaman），也就是科學小飛俠三部曲的第一部，總共有105集，那麼，其最後一集（第105集）「地球毀滅！0002」即是科學小飛俠的結局。
但若是將後來中視播出的《旋風小飛俠》（亦即科學小飛俠的第二、三部）也算進去，那麼，科學小飛俠最後的大結局應該就是第三部《科学忍者隊ガッチャマンF》（科學忍者隊Gatchaman F）的最後一集（第48集），也就是三部總集數的第205集「永遠的旋風小飛俠」了！
千言萬語不如讓我們直接來觀賞這兩集卡通，便能清楚地瞭解究竟《科學小飛俠》的結局是怎麼一回事了！
首先播出的是科學小飛俠第一部（科学忍者隊ガッチャマン）的第105集「地球毀滅！0002」（日文原名：地球消滅! 0002），也是其最終的一集，於1974年9月29日在日本的富士電視台首次公開播映。
科學小飛俠成員的二號大明在這一集裡不幸捐軀了，但也因為他臨終前射出的一枝羽毛飛鏢發生作用，而挽救了瀕臨毀滅的地球。（看完這集就會明白，為何最後倒數要停在0002而不是0001或其他數字。）
接下來，讓我們繼續觀賞《旋風小飛俠》後半段（科学忍者隊ガッチャマンF）的最終回「永遠的旋風小飛俠」（日文原名：永遠のガッチャマン），這一集正是整個「科學小飛俠三部曲」的大結局，於1980年8月31日在日本的富士電視台首次公開播映。
1978年，中視在播畢長達105集的《科學小飛俠》之後，觀眾們欲罷不能，因此下檔不到一個半月，馬上就又重播了一遍，創下台灣地區卡通重播間隔最短的紀錄。
1981年，中視推出「科學小飛俠」的續集，但不知為何不沿用「科學小飛俠」這個響亮的名字，而改用了「旋風小飛俠」做為續集的片名與劇中的隊名。（據網友表示，當時因為新聞局不准任何劇集有續篇的出現，所以中視只好將日本卡通《科學小飛俠》的第二、三部換了個名字，以《旋風小飛俠》之名送審。）
《旋風小飛俠》合併了日本於1978年至1980年間播出的科學小飛俠第二部（科學忍者隊ガッチャマンII）的52集與第三部（科學忍者隊ガッチャマンF）的48集，總共100集，故事從大明的重生開始講起；大明雖已在《科學小飛俠》第一部的結局時喪生了，但其屍首卻被羅菲博士發現，並且施以「再造人身」而重生為一個半人半機器的再造人。
雖然整個故事的結局並未清楚交代旋風小飛俠（科學小飛俠）的生死，但我相信，他們五個人已經浴火重生，蛻變為永恆的不死鳳凰！活在我們每一個人的心裡。
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